Pro Pycharm stačí přejít na Spustit -> Upravit konfigurace, v pravé části okna z Konfigurace ladění vyberte svůj projekt a vpravo uvidíte proměnné prostředí. Ujistěte se, že jste nastavili DJANGO_SETTINGS_MODULE=mysite.settings, pokud ne jen jedno přidejte, je to stejně snadné jako vyplnit pár klíč-hodnota z vyskakovacího dialogu.