Měli byste experimentovat s vyšším nastavením work_mem dokud nezískáte řazení v paměti. S pamětí můžete být samozřejmě štědří pouze tehdy, pokud jí má váš počítač dostatek.
Váš dotaz by byl mnohem rychlejší, pokud byste ukládali předem agregovaná data, buď pomocí materializovaného pohledu, nebo druhé tabulky a spouštěče v původní tabulce, který udržuje součty v druhé tabulce aktualizované. Nevím, zda je to s vašimi údaji možné, protože nevím, jaká je hll_cardinality a hll_union_agg jsou.