Měl jsem úplně stejný problém s postgres db a aplikací Django běžící s docker-compose.
Ukázalo se, že soubor Dockerfile mé aplikace používal vstupní bod, ve kterém byl proveden následující příkaz:python manage.py flush který vymaže všechna data v databázi. Protože se to provede při každém spuštění kontejneru aplikace, vymaže se všechna data. Nemělo to nic společného s docker-compose.