Ve starších dobách byl první rychlejší, ale to už není pravda. Osobně si myslím, že INNER JOIN je lepší, protože je čitelnější. Lépe ukazuje vztahy mezi tabulkou. Máte tyto vztahy ve spojení a provádíte filtrování v klauzuli WHERE. Toto oddělení činí dotaz čitelnějším. Ale to je věc osobního vkusu.