Zdá se, že problém je v tom, že máte v tabulce prázdné řetězce. Budete je muset zvládnout, pravděpodobně pomocí případového prohlášení, jako například:
execute %{ALTER TABLE "table1" ALTER COLUMN columnB TYPE integer USING CAST(CASE columnB WHEN '' THEN NULL ELSE columnB END AS INTEGER)}
Aktualizace:kompletně přepsáno na základě aktualizované otázky.